如果发现灭菌不合格的器械包，需要采取以下措施进行处理：

1. 隔离：将发现不合格的器械包隔离放置，确保不与其他无菌物品接触，以防止交叉感染。

2. 检查原因：对不合格的器械包进行检查，找出造成不合格的原因。可能的原因包括灭菌时间、温度、压力等参数不符合要求，灭菌设备故障，或包装材料存在损坏等。

3. 重新处理：根据不合格的原因，对器械包进行重新处理。如果是灭菌参数不符合要求，可以重新进行灭菌处理。如果是包装材料损坏，可以更换新的包装材料进行重新包装。

4. 再次检查：重新处理后的器械包需要进行再次检查，确保达到灭菌要求和包装完整性。

5. 记录和追溯：对处理过程进行详细记录，包括处理时间、处理方法、重新灭菌的参数等信息。同时，也要将不合格的器械包的信息记录下来，以便追溯和调查原因。

6. 教育和培训：对相关人员进行培训和教育，加强对灭菌和包装操作的规范性和重要性的认识，以减少不合格的发生。

  如果无法确定不合格器械包的原因或无法重新处理，最好的做法是将其进行销毁，以确保手术器械的无菌性和安全性。同时，需要及时报告有关部门，并采取相应的纠正措施，以防止类似情况再次发生。